火影忍者：忍者学校的挑战与命运的交织

鸣人，佐助，小樱三人从忍者学校毕业后，被分配到同一小组，在指导上忍卡卡西的生存训练中，他们学会了团队合作的重要性。随后，他们接到任务保护造桥专家达兹纳，却在任务途中遭到雾隐村叛忍桃地再不斩的攻击，这是他们的第一次实战。

中忍考试期间，鸣人凭借实力击败了天才日向宁次，证明了自己的能力。考试中途，音忍和砂忍开始攻击木叶，考试被迫中止。大蛇丸挑战第三代火影，导致第三代火影牺牲，大蛇丸也失去两只手臂。

宇智波鼬叛离木叶，似乎以鸣人体内的九尾为攻击目标，受到“晓”组织的命令。大蛇丸找到纲手，希望她能治疗自己的双手，并提出条件让她再次见到她最重视的两人的条件。纲手犹豫不决，最终鸣人和自来也找到她，纲手对继任火影一事心灰意冷，但看到鸣人为了成为火影的梦想而刻苦修行，逐渐改变了想法。

佐助为了向鼬复仇，离开村子去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队追赶佐助，途中与音忍四人众以及君麻吕展开战斗，期间得到了砂隐村援军的助力，终于将敌人一一击败。之后鸣人为了变强而与自来也外出修行。

佐助杀死大蛇丸后，建立了“蛇”组织，目标是找到并杀死鼬。他们遇到迪达拉，迪达拉对佐助产生恨意，与佐助大战，但最终被佐助化解。佐助找到鼬，与鼬进行死战，最终战胜鼬。鼬临死前假装要取佐助双眼，却在佐助额头轻轻点了一下，把万花镜写轮眼传给了佐助，然后倒下。

阿飞将佐助带走，并告诉佐助真相：阿飞真名宇智波斑，是与初代火影同时期的宇智波一族首领。斑不服，又对木叶发动战争，最后战败，逃出并创建了晓组织。第一部开始时九尾的出现就是斑干的。木叶认为是村里的宇智波一族为了复仇干的。

木叶看好了鼬，让鼬当了木叶的间谍，监视宇智波一族。宇智波一族也察觉到了木叶的怀疑，让鼬替宇智波监视木叶。鼬夹在中间左右为难，最后为了保住佐助，灭了整族。

佐助想起以前与哥哥的点滴回忆，后悔莫及。把“蛇”改为“鹰”，目标是毁灭木叶！自来也想要解开佩恩的真身，只身潜入晓组织，却发现佩恩竟是他以前的学生！

当初忍界大战，雨隐在地理位置上被夹在大国中间，理所当然地成为了理想的战场。弥彦、长门、小南三人在战争中都失去了家人，成为孤儿。自来也见他们可怜，就收他们为徒，教他们忍术。

天道佩恩就是弥彦！但弥彦本没有轮回眼，天道佩恩却有轮回眼！其他五个佩恩也有轮回眼！他们的眼睛竟然相通——一人看见的东西，其他五人也会同时看见！小南也在晓组织！

自来也问佩恩他的目的是什么。佩恩回答：集齐九只尾兽，创造一个比核武器还要强的武器，以暴制暴！！！后来，自来也发现，除了天道以外的其他五个佩恩都是以前与自来也交过手的人，但最关键的是，他们都已经死了！！！自来也杀死了一个佩恩，但终因寡不敌众，面临死亡的威胁。但如果这时撤退，他将前功尽弃。他想到自己这一生的失败：没能留住大蛇丸，最喜欢别的纲手又偏偏喜欢着大蛇丸……自来也以生命为代价，破解了佩恩的真身。他召唤了深作蛤蟆，用自己最后的查克拉在蛤蟆背后写下一串代码，让蛤蟆带回木叶……

自来也想起蛤蟆长老的预言：自来也的一个徒弟将会改变世界！是佩恩？还是鸣人？自来也慢慢沉入水底。鹿丸等人破解密码，但一直破解不了。鸣人发现，密码中的第一个符号，不是“9”，而是“夕”（自来也的一贯写法，“夕”看起来就像“9”，自来也的《亲热天堂》中的“夕”就是这样写的。也只有整天被自来也逼着看《亲热天堂》的鸣人才能看得出来，可见自来也的用意……），从而破解了密码：没有真身！

佐助与晓组织合作，晓组织去捉九尾，鹰